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由于南京的重要性，日军在南京城内及外围布置了第13军下属警备部队：
中国派遣军总司令部：总司令畑俊六大将，驻南京，统辖华中、华东日军，负责战略指挥与军政统筹。
第15师团：隶属第13军（军部上海），师团长酒井直次，承担南京及周边长江两岸警备。
独立混成第17旅团：第13军直辖，驻南京外围，负责句容、江宁等地要点守备与治安维持。
荣字第1644部队（中支那防疫给水部）：细菌战部队，对外伪装防疫，本部在南京中山东路原中央医院，隶属第13军，从事细菌武器研发与使用。
第3067部队（菊地支队），属南京地区守备部队。
还有宪兵与特务部队，后勤与海军部队（仅剩下少数，大部队被青岛舰队消灭。）和2万多名分布在各地的伪军。
一军南下第二方面军并不急于进攻南京，而是先收复南京外围的县城和日军据点，逐步压缩日军的战略空间。
得知南京危急，日军陆军部将在国内开会的畑俊六总司令调回南京，主持大局。
鉴于目前魔鬼部队占据着制空权，海上也有魔鬼部队的海军一大队和青岛舰队巡逻。
为了安全起见，畑俊六总司令官乘坐潜艇抵达海州（连云港），然后再秘密到达南京。
畑俊六司令官到达南京的第二天即命令第15师团主力西调，警戒魔鬼部队第12旅。
日军第17旅团主力东移，警戒魔鬼部队第15旅。
日军第3067部队带着伪军全力搜捕南京城内外的抗日抵抗力量和新四军。
南京城在畑俊六司令官的铁腕统治下，陷入了一片白色恐怖之中，每天到处都有枪声响起，到处都有新添的冤魂。
鉴于南京城内形势的严峻，新四军的交通线暂时停止活动，进入蛰伏状态。但是新四军部队和江苏新四军水上游击队的活动却更加频繁了。
他们到处袭击日军的运输队，后勤部队。给抗日第一军提供情报。
这让畑俊六司令官头痛不已。
这个时候的日军实力已经江河日下，想象侵华战斗之初那样对江苏实行铁笼控制不仅兵力不足，而且魔鬼部队的强悍战斗力也可以轻易击溃他们中队规模的部队。
这样他们与魔鬼不会交战，必须集中大队以上的规模。
而魔鬼部队总能准确捕捉到日军大部队的行进路线，轻易躲开了他们的围剿。并不断袭击他们的薄弱之处。
（畑俊六司令官不知道魔鬼部队放飞了数架金雕无人机，从空中侦察日军的动向，从而做出决策。）
铁腕围剿了一个多星期，南京城内外的抗日组织和新四军却如同雨后小草，四处冒头。
更让畑俊六司令官担心的是魔鬼部队与苏南新四军已经联合作战。
苏南新四军为魔鬼部队提供情报，带路，魔鬼部队为苏南新四军提供武器装备，甚至是士兵。