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在舟山驻守了整整五天，预想中的丧尸瘟疫并没有爆发，这让朱由检多少有些失望，他本来已经磨刀霍霍，囤积重兵，做好了各种准备，没想到一个丧尸也没出现。大军粮草难以为继，继续留在几座荒凉海岛上，几万人会面临挨饿的风险。
而且崇祯皇帝的野望早已突破东南，开始向东南亚发展，他不可能将精力长期放在几个省份上。
郑芝龙和多尔衮显然没什么联系，丧尸病毒也没有流入东南。
辽东气候寒冷，丧尸爆发可以想象，然而在东南却不必担心这样的问题。
七月的舟山潮湿而闷热，人死后还没来得及变成丧尸，尸体就开始腐烂，战力自然迅速下降，远不是明军对手。
判定后方无忧后，朱由检便率领三万明军继续南下，准备收复厦门。
八月初，舰队抵达厦门，驻守厦门的把总早已逃之夭夭，剩下一位海盗头目与厦门知府。
两人都是郑芝龙死忠，没有死在舟山只能说他们命大，不过在厦门就很难说了。
潜入城内的锦衣卫将城中守军数量，兵力部署详细禀告给了朱由检，崇祯皇帝得以从容应对。
按照原先计划，潜伏在厦门城中的特勤队将发动突袭，里应外合，一举策应大军攻城，不过为避免锦衣卫在这种地方遭受损失，也是为了将这把钢刀用在更重要的地方，崇祯皇帝下令潜伏城中的锦衣卫暂停行动，他将以堂堂阵战击溃守军，让东南各地的海盗缙绅们见识一下大明皇帝的真正实力，如此才能收到杀鸡儆猴的功效。
大军压境，方知府大概是对崇祯皇帝作战信心估计不足，亦或是还不知道发生在舟山的事情，竟然派遣说客前来，向崇祯皇帝游说一番，大致是说福建从来未与朝廷为敌，朝廷交代下来的剿灭海盗，禁止与海盗海贸，在此都得到了坚决贯彻执行。
那说客说这话的时候，朱由检已经下令开始攻城，两军交战，不斩来使，不过眼前这位使者表演实在太过浮夸，让朱由检产生一种生理上的厌恶。
“拖下去，祭旗！”
上千门红衣巨炮从海面上发射出炮弹，如雨点般向厦门海防城墙砸去。
曾经固若金汤的厦门海防堤墙，在巨炮轰击下，很快出现一个缺口，一万两千名登陆明军沿着缺口进入厦门主城，镇守内城的一千多名战兵在明军开始轰击城门时便溃散大半，剩余一些家丁见黑压压的明军主力冲过来，几个亡命之徒上前阻挡，旋即被火铳兵打成了筛子，剩余家丁连忙丢下守城器械，匆忙向内城逃去。
不破不立是崇祯皇帝信奉的法则，只有将旧有的秩序彻底打破，才有可能建立新的富有朝气的秩序。
厦门知府方一藻听闻朱由检率大军来攻，未作任何抵抗，便弃城而逃，他乘坐一艘荷兰人飞剪船，携带金银细软，连夜逃往台湾，那里是所有反明势力汇合的据点，也是他们最后的希望。